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开始之前
- 1
课程简介
DNA复制在基因组的哪个位置开始？
- 1
千里之行
- 2
复制起点的寻找问题
- 3
DnaA盒子
- 4
隐藏消息问题
- 5
统计单词
- 6
编程挑战：实现模式计数
- 7
频繁词问题
- 8
有些隐藏信息比其他信息更令人意外
- 9
编程挑战：实现模式匹配
- 10
隐藏信息的爆发
- 11
复制DNA的最简单方法
- 12
复制的不对称性
- 13
前向链和反向链半链的特殊统计特性
- 14
脱氨基作用
- 15
偏移图（concept）
- 16
编程挑战：实现最小偏移
- 17
有些隐藏信息比其他信息更难察觉
- 18
在大肠杆菌中最后一次尝试寻找DnaA盒
- 19
尾声：在预测中遇到的复杂情况
- 20
测验
DNA复制：未解难题、充电站与绕行路径
- 1
开放问题：细菌基因组中的多个复制起点
- 2
开放问题：在古菌中寻找复制起点
- 3
开放问题：在酵母中寻找复制起点
- 4
开放问题：计算字符串中模式出现的概率
- 5
充电站：频率数组
- 6
充电站：模式与数字之间的转换
- 7
充电站：通过排序查找频繁词
- 8
充电站：解决聚类发现问题
- 9
充电站：解决带有错位的频繁词问题
- 10
充电站：生成字符串的邻域
- 11
充电站：通过排序查找带有错位的频繁词
- 12
迂回：大O表示法
- 13
迂回：字符串中模式的概率
- 14
迂回：生物学中最美丽的实验
- 15
迂回：DNA链的方向性
- 16
迂回：汉诺塔问题
- 17
岔路：重叠词悖论
我们如何组装基因组？
- 1
爆炸的报纸
- 2
字符串重构问题
- 3
重叠图中的字符串重构：从字符串到图
- 4
重叠图构建字符串：基因组消失
- 5
重叠图的字符串重构：图表示
- 6
基于重叠图的字符串重构：哈密顿路径
- 7
带粘接节点的字符串重构与德布鲁因图
- 8
在德布鲁因图中行走
- 9
德布鲁因图：另一种构建方式
- 10
德布鲁因图：从k-mer组成构建
- 11
德布鲁因图：与重叠图的比较
- 12
哥尼斯堡七桥问题
- 13
欧拉定理
- 14
从欧拉定理构造欧拉回路与路径
- 15
构造通用字符串
- 16
基因组拼接：从测序读段到读段对
- 17
基因组拼接：将读对转换为长的虚拟读段
- 18
基因组组装：从组成到成对组成
- 19
基因组拼接：配对的德布鲁因图
- 20
尾声：基因组组装面临真实的测序数据
- 21
测验
组装基因组：充电站与绕行路线
- 1
充电站：粘合操作对邻接矩阵的影响（orientation）
- 2
充电站：生成所有的欧拉回路
- 3
充电站：在配对的德布鲁因图中重构字符串
- 4
充电站：图中的最大非分支路径
- 5
弯道：DNA测序技术简史
- 6
旁路：人类基因组中的重复序列
- 7
迂回：图
- 8
旁路：二十面体游戏
- 9
迂回：可处理与不可处理的问题
- 10
迂回：从欧拉到哈密顿再到德布鲁因
- 11
绕道：双链DNA组装的陷阱
- 12
迂回：BEST定理
我们如何比较生物序列？
- 1
抗生素的发现
- 2
细菌是如何制造抗生素的？
- 3
短杆菌素在短芽孢杆菌基因组中的编码位置在哪里？
- 4
规避分子生物学的中心法则
- 5
破解非核糖体肽合成密码
- 6
从蛋白质比较到非核糖体编码
- 7
癌基因和生长因子有什么共同点？
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序列比对简介
- 9
序列比对与最长公共子序列
- 10
曼哈顿游客问题
- 11
在任意有向图中进行观光
- 12
序列比对实际上是曼哈顿游客问题的另一种表现形式
- 13
论证动态规划的应用：换零钱问题
- 14
递归求解找零问题
- 15
使用动态规划更换零钱
- 16
曼哈顿游客问题再探
- 17
从曼哈顿到任意有向无环图
- 18
回溯法在比对图中的应用
- 19
评分比对
- 20
从全局比对到局部比对
- 21
序列比对的演变
- 22
序列比对的演变：拟合比对
- 23
序列比对的演变：重叠比对
- 24
在序列比对中对插入和删除进行惩罚
- 25
空间高效的序列比对
- 26
尾声：多序列比对
- 27
测验
生物序列：迂回路径
- 1
岔路：萤火虫与非核糖体编码
- 2
迂回：寻找最长公共子序列
- 3
迂回：构建拓扑排序
- 4
旁路：PAM评分矩阵
- 5
旁路：分治算法
- 6
迂回：评分多个比对结果
结论
- 1
最后的总结
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Course Author:Anonymous User