开放问题：细菌基因组中的多个复制起点

长期以来，生物学家认为每个细菌染色体仅有一个 ori。2011年，Wang 等人通过基因工程手段，在大肠杆菌中插入了一个合成的 ori，距离其已知的 ori 约一百万个核苷酸。令他们惊讶的是，大肠杆菌仍照常运作，复制过程在两个位置同时启动！

拥有多重 ori 的细菌的存在

该论文发表后，科学家们立即开始寻找自然界中存在多个 ori 的细菌。2012年，夏（Xia）对“单一 ori”假说提出质疑，并列举了一些具有异常偏斜特征的细菌。事实上，从进化的角度来看，拥有多个 ori 是合理的：如果基因组较长且复制速度较慢，那么多个复制起点可以缩短细菌完成DNA复制所需的时间。

例如，Wigglesworthia glossinidia 是一种生活在采采蝇肠道中的共生细菌，其偏斜图如下方所示。由于该图至少有两个明显的局部极小值，夏认为这种细菌可能具有两个或更多的 ori 区域。

基因组重排

我们应对夏提出的该细菌具有两个 ori 的假设保持谨慎，因为偏斜图中出现多个局部极小值可能有其他解释。
例如，基因组重排（我们将在后续课程中学习）会移动基因在基因组中的位置，常常将基因从正链转移到反链，反之亦然，从而导致偏斜图出现不规则现象。
一种典型的基因组重排是反转，即翻转染色体的一段序列，并将其切换到相反的链上。下图展示了反转发生后偏斜图的变化。

水平基因转移

另一个难题来自不同种类细菌之间可能发生水平基因转移的事实。如果一个细菌正链上的基因被转移到另一个细菌的反链上（或反之），就会在偏斜图中产生不规则现象。因此，关于 Wigglesworthia glossinidia 是否具有多个 ori 的问题至今仍未解决。

然而，如果你能证明在 Wigglesworthia glossinidia 的偏斜图中，两个局部极小值附近分别存在两组相同的 DnaA 结合位点，那么你将获得支持多重细菌 ori 的首个坚实证据。
也许仅仅应用你解决“带错配和互补序列的频繁词”问题的方法，就能发现这些 DnaA 结合位点。你能找到其他单个 ori 存疑的细菌基因组，并验证它们是否确实具有多个 ori 吗？