导入
充电站:粘合操作对邻接矩阵的影响(orientation)
让我们探讨一下邻接矩阵在粘合操作下的变化。
粘合操作的影响
下图使用 Text = TAATGCCATGGGATGTT 来说明粘合操作如何将 PathGraph(Text) 的邻接矩阵转换为 DeBruijn(Text) 的邻接矩阵。
...
邻接矩阵。(上)PathGraph3(TAATGCCATGGGATGTT) 的 16 × 16 邻接矩阵。注意,我们通过索引区分了 PathGraph3(TAATGCCATGGGATGTT) 中多个相同的 AT、TG 和 GG 节点。(下)粘合由相同 2-mer 标记的节点后得到的 DeBruijn3(TAATGCCATGGGATGTT) 的 11 × 11 邻接矩阵。注意,如果节点 i 和 j 之间有 m 条边,则邻接矩阵中 (i, j) 位置的元素值为 m。